故事的开端源于男主角冈部伦太郎一次偶然的举动。这个自称"狂气玛德科学家"的大学生,在一次意外中成功地将手机短信发送到了过去。这个不起眼的小事,却突破了世界线1%的变动壁垒,导致世界从β世界线跳转到了α世界线。而这一切,都被名为SERN的神秘组织捕捉到了。
原来,SERN一直在暗中研究时间机器,并且监控着全球范围内所有与时间旅行相关的异常事件。冈部的短信穿越引起了他们的注意,派出特工意图抢夺他的研究成果。
与此同时,一位自称来自2036年的时间旅行者John Titor出现在了冈部等人面前。Titor声称,在她所处的2036年,SERN凭借时间机器的优势成功统治了全世界。而Titor作为反抗组织的成员,穿越回过去的目的,就是要找到名为IBN5100的古老电脑。因为只有这台诞生于1975年的机器,才能解读SERN系统内的原始代码,从而对其进行攻击。
Titor本打算直接跳跃到1975年,但她临时起意,决定先到2010年的秋叶原转一圈,见见自己的父亲。就在Titor踏上寻找IBN5100的旅程时,冈部、真由理、红莉栖等人却沉浸在乐此不疲的"D-Mail"游戏中。他们相继向过去发送邮件,改变了琉华子的性别,让菲利斯的父亲起死回生,一次次地跃迁于不同的世界线之间,体验着时间旅行的快感。
但是,只有冈部拥有"命运探知"的特殊能力,在跨越世界线后仍能保留前一条世界线的记忆。随着"D-Mail"游戏的深入,冈部渐渐发现,每一条α世界线上,真由理的死亡都成为了无可避免的定局。
为了拯救真由理,冈部和红莉栖想出了一个办法:他们发现,每删除一封D-Mail,真由理的死亡时间就会向后推移一天。由此他们推断,只要删除掉最初那封改变世界线的D-Mail,就能跨越1%的壁垒,回到真由理存活的β世界线。
但让冈部万万没想到的是,β世界线上,红莉栖的死亡又成为了不可改变的"命运收束"。面对这个残酷的真相,冈部最终还是下定决心,删除了那封D-Mail,回到了β世界线。而等待他的,将是又一段艰难的拯救之旅……
就在冈部以为一切都结束了的时候,β世界线上竟然也出现了一位John Titor。这位经历过时间旅行的神秘人,带来了拯救红莉栖的方法。原来,之前在α世界线上的Titor,在回到1975年寻找IBN5100的途中发生了意外,导致失忆,最终没能将这台关键的电脑带给2010年的冈部等人。而没有IBN5100,他们就无法删除SERN服务器上保存的有关时间机器的数据,红莉栖的死亡就成为了无法避免的事实。
但是,β世界线上的Titor,似乎找到了一条改写历史的道路。在她的帮助下,冈部、真由理、红莉栖等人齐心协力,经历了一系列惊心动魄的冒险,最终成功地拯救了红莉栖,改变了她的命运。至于他们究竟是如何做到的,我们暂且不提。